Организация управления и контроль за ходом реализации Программы возлагаются на Государственный комитет Республики Карелия по реформированию жилищно-коммунального хозяйства, Региональную энергетическую комиссию Республики Карелия, которые осуществляют свои функции во взаимодействии с заинтересованными федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти Республики Карелия и органами местного самоуправления.
Бюджетная заявка на выполнение ассигнований из федерального бюджета, бюджета Республики Карелия и местных бюджетов для финансирования Программы разрабатывается и представляется в установленном порядке.
Непосредственный контроль за реализацией единой технической политики, соблюдением нормативно-технических требований к содержанию и использованию жилья и объектов коммунального назначения, за качеством и надежностью обслуживания потребителей осуществляет Государственная жилищная инспекция, роль которой значительно возрастает.
Исполнители Программы ежеквартально на 15-й день месяца, следующего за отчетным кварталом, а администрации местного самоуправления муниципальных образований в течение 15 дней после сдачи бухгалтерской отчетности представляют Государственному комитету Республики Карелия по реформированию жилищно-коммунального хозяйства отчеты о ходе реализации Программы. Государственный комитет Республики Карелия по реформированию жилищно-коммунального хозяйства ежегодно в установленном порядке представляет в Правительство Республики Карелия доклад о ходе реализации Программы.