Научные исследования в соответствии с задачами Программы направлены на достижение следующих целей:
создание значительного научного задела и научного обоснования по проблемам экологической безопасности в Республике Карелия и рационального использования ее природно-ресурсного потенциала;
создание и ведение научно обоснованной системы комплексного мониторинга состояния природных ресурсов и окружающей природной среды;
научное обоснование организационно-экономического, правового и хозяйственного механизмов управления в области природопользования и охраны окружающей природной среды.
Проблемы совершенствования регулирования качества окружающей среды, охраны природы и сохранения биологического разнообразия продиктована объективными требованиями совершенствования управления природно-ресурсным комплексом Республики Карелия с учетом происходящих экономических преобразований, сопровождаемых повышением роли платежей за пользование природными ресурсами в доходной части бюджетов различных уровней, необходимости разработки эффективных механизмов охраны окружающей природной среды, разграничения предметов ведения и полномочий между федеральными органами государственной власти, органами государственной власти Республики Карелия и органами местного самоуправления в сфере управления и распоряжения природными ресурсами.
Информационное обеспечение предусматривает методическую, программно-техническую и технологическую поддержку систем сбора, хранения, регулирования, эффективного использования и воспроизводства природно-ресурсного потенциала Республики Карелия. Это обеспечит совместимость информационных ресурсов в области природопользования и позволит на принципиально новой основе осуществлять контроль за состоянием природных ресурсов Республики Карелия, оценивать состояние и прогнозировать изменения окружающей природной среды.