Механизм реализации Программы предусматривает использование рычагов государственной, экономической, финансовой и бюджетной политики в области природопользования и охраны окружающей среды с учетом интересов хозяйствующих субъектов, муниципальных образований.
Реализация Программы возлагается на Министерство сельского, рыбного хозяйства и экологии Республики Карелия - государственного заказчика и координатора Программы.
Мероприятия программы представляют собой конкретные проекты, включающие, в свою очередь, набор мероприятий по их исполнению. Каждый проект имеет определенную стоимость, график реализации и технико-экономические параметры.
Отбор инвестиционных проектов осуществляется государственными заказчиками Программы. Отбор исполнителей программных мероприятий, реализуемых за счет бюджетных ассигнований, проводится на конкурсной основе. Реализация программных мероприятий осуществляется на основе государственных контрактов (договоров), заключаемых государственными заказчиками Программы с подрядчиками.
Для привлечения внебюджетных источников финансирования предусматривается:
использование средств хозяйствующих субъектов в финансировании программных мероприятий, осуществляемых за счет бюджетов различных уровней;
более широкое развитие арендных отношений при освоении природных ресурсов;
преимущественное использование аукционов при выдаче лицензий на недропользование;
введение системы регулирования природоохранной деятельности на основе механизмов экологического страхования, аудита, сертификации.
Пересмотр заявленных средств программы ведется ежегодно на основе ее корректировки в соответствии с результатами анализа выполнения мероприятий по предыдущему году.