Функциями Комиссии являются:
2.1, принятие решений о предоставлении или об отказе в предоставлении лицензий на осуществление медицинской деятельности соискателям лицензий (лицензиатам);
2.2. принятие решений о приостановлении, возобновлении, переоформлении, аннулировании, продлении срока действия лицензий;
2.3. осуществление контроля за соблюдением лицензиатами лицензионных требований и условий;
2.4. информирование федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти Республики Карелия по вопросам, относящимся к компетенции Комиссии.