Программа реализуется в комплексе с другими программами социально-экономической направленности, включая программные мероприятия по реализации Стратегии социально-экономического развития области до 2010 года.
Финансирование программных мероприятий осуществляется в зависимости от уровня решаемой экологической проблемы за счет средств федерального и областного бюджетов.
Реализация Программы осуществляется на основе договоров (соглашений), заключаемых в установленном порядке с исполнителями мероприятий Программы и непосредственно самими организациями.
Отбор исполнителей мероприятий Программы (организаций, физических лиц, зарегистрированных в качестве индивидуальных предпринимателей) осуществляется на конкурсной основе в соответствии с законодательством о размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд.
Финансирование Программы за счет средств областного бюджета осуществляется через государственного заказчика в соответствии с утвержденными ассигнованиями на очередной финансовый год.
Государственным заказчиком Программы до 15 октября 2013 года является Министерство лесного хозяйства, природопользования и экологии Ульяновской области, с 15 октября 2013 года - Министерство сельского, лесного хозяйства и природных ресурсов Ульяновской области. Руководитель Программы - первый заместитель Председателя Правительства Ульяновской области, координирующий в соответствии с распределением обязанностей работу Министерства сельского, лесного хозяйства и природных ресурсов Ульяновской области.
Ответственность за целевое использование средств, выделенных на выполнение программных мероприятий, несет руководитель Программы.
Контроль за ходом реализации Программы осуществляет Правительство Ульяновской области наряду с другими уполномоченными на то органами в соответствии с установленными полномочиями.