Министерство промышленности и транспорта Ульяновской области (до 10.10.2013), Министерство строительства, жилищно-коммунального комплекса и транспорта Ульяновской области (с 11.10.2013) ежегодно определяет потребность АТП в обновлении подвижного состава и технико-эксплуатационные требования к нему. АТП в рамках Программы самостоятельно приобретают подвижной состав. Средства областного бюджета Ульяновской области предоставляются на компенсацию части затрат АТП, связанных с приобретением автобусов, в виде субсидий. Предоставление средств осуществляется в порядке, утвержденном Правительством Ульяновской области.
Ежемесячно АТП представляют отчеты по эксплуатации автобусов, на основании которых Министерство промышленности и транспорта Ульяновской области (до 10.10.2013), Министерство строительства, жилищно-коммунального комплекса и транспорта Ульяновской области (с 11.10.2013) проводит анализ эффективности хода реализации Программы, при необходимости инициирует внесение изменений в Программу и вносит их на рассмотрение Правительства Ульяновской области.
Изменения в Программу вносятся постановлением Правительства Ульяновской области.
Контроль за выполнением Программы осуществляет Правительство Ульяновской области, текущий контроль и управление осуществляет Министерство промышленности и транспорта Ульяновской области (до 10.10.2013), Министерство строительства, жилищно-коммунального комплекса и транспорта Ульяновской области (с 11.10.2013).