Общее управление и координация Программы осуществляются Правительством Ульяновской области. Контроль за ходом реализации Программы в части реализации соглашений с муниципальными районами и городскими округами осуществляется Министерством образования Ульяновской области.
Министерство образования Ульяновской области предоставляет всю необходимую информацию о ходе выполнения Программы в рамках участия в ФЦПРО заинтересованным федеральным органам государственной власти и органам государственной власти Ульяновской области.
Министерство образования Ульяновской области представляет в Министерство экономики и планирования Ульяновской области ежеквартальную информацию о ходе выполнения Программы.