Управление и контроль за исполнением Программы осуществляются государственным заказчиком - Министерством здравоохранения Республики Татарстан (координатором Программы), который ежегодно уточняет механизм реализации Программы, состав исполнителей, затраты на первоочередные мероприятия.
Текущее управление реализацией Программы осуществляет отдел развития медицинской помощи Министерства здравоохранения Республики Татарстан.