5.1. При осуществлении своих функций Главное управление племенным делом в пределах своих полномочий решает вопросы самостоятельно и совместно с другими министерствами, госкомитетами и ведомствами Республики Татарстан.
5.2. Главное управление племенным делом Республики Татарстан постоянно взаимодействует с Департаментом животноводства и племенного дела Российской Федерации по вопросам охраны генофонда малочисленных и исчезающих пород животных, использования селекционных достижений в животноводстве, экспорта и импорта племенных животных и их продукции, представляет отчетность о результатах племенной работы в установленном порядке.
5.3. Главное управление племенным делом Республики Татарстан взаимодействует с органами управления племенной службы других регионов Российской Федерации по вопросам завоза и вывоза племенных животных, специального оборудования, приборов и материалов для племенного дела.
5.4. Главное управление племенным делом взаимодействует со следующими министерствами и ведомствами Республики Татарстан:
Главное управление ветеринарии Кабинета Министров Республики Татарстан - по вопросам профилактики и ликвидации заразных и незаразных заболеваний племенных животных, отчуждения племенных животных и их продукции при обнаружении у них инфекционных и наследованных болезней, экспорта и импорта племенных животных и их продукции;
Министерство охраны окружающей среды и природных ресурсов Республики Татарстан - по вопросам охраны генофонда малочисленных и исчезающих пород животных;
Министерство внешних экономических связей Республики Татарстан - по вопросам экспорта и импорта племенных животных и их продукции;
Министерство финансов Республики Татарстан - по вопросам финансирования Главного государственного управления племенным делом в животноводстве и его подведомственных предприятий и учреждений по основной деятельности и капитальным вложениям;
другие министерства, госкомитеты, ведомства, организации Республики Татарстан - по вопросам ведения селекционно-племенной работы в их подсобных сельских хозяйствах, обеспечения племенными животными и их продукцией, специальным оборудованием, приборами, материалами для племенного дела;
Академия наук Республики Татарстан, Казанская государственная академия ветеринарной медицины им.Н.Э.Баумана, Буинский ветеринарный, Мензелинский сельскохозяйственный колледжи, Тукаевский сельскохозяйственный техникум по вопросам подготовки специалистов-селекционеров и технологов по воспроизводству животных, развития научных исследований по проблемам селекции и племенного дела;
Государственный комитет Республики Татарстан по защите прав потребителей - по вопросам лицензионной деятельности, в том числе о предоставлении необходимой информации для ведения единого Республиканского реестра выданных лицензий в области племенного животноводства в Республике Татарстан.