Комитет по природным ресурсам и охране окружающей среды Мурманской области с 1 апреля 2005 года выполняет функции государственного заказчика региональной целевой программы «Охрана и гигиена окружающей среды и обеспечение экологической безопасности в Мурманской области», а также функции разработчика данной Программы.
Комитет ведёт ежеквартальную отчётность по реализации Программы, контролирует соответствие запланированных и достигнутых целевых индикаторов, подготавливает ежегодно предложения по уточнению перечня программных мероприятий на очередной финансовый год, уточняет затраты, а также механизм реализации программных мероприятий, осуществляет управление исполнителями Программы, подготавливает ежегодный доклад о ходе её реализации.