Общее руководство и контроль за реализацией Программы осуществляется заместителем Губернатора Мурманской области. Мероприятия, проводимые в рамках Программы реформирования, являются частью действий и функциональных обязанностей департамента финансов Мурманской области. К исполнению Программы также привлекаются и иные органы государственной власти Мурманской области.
В муниципальных образованиях руководство по реализации программ реформирования муниципальных финансов осуществляется главами городов и районов и руководителями финансовых органов. К выполнению программных мероприятий привлекаются необходимые подразделения муниципальных администраций.