2.1. Заказник в своей совокупности выполняет функции сохранения, восстановления, воспроизводства и рационального использования ценных в хозяйственном, научном и культурном отношении представителей животного мира, сохранение среды обитания атлантического лосося, общего экологического баланса, средообразующих естественных природных комплексов, путей миграций ценных видов рыб.
2.2. На государственный природный биологический (рыбохозяйственный) заказник регионального значения "Понойский" возлагаются следующие задачи:
а) содействие в проведении научно - исследовательских работ без нарушения установленного режима заказника, разработке мероприятий по сохранению и естественному воспроизводству популяции семги, охраны среды ее обитания, путей миграции и нерестово-выростных угодий;
б) изучение и охрана мест обитания, численности атлантического лосося, горбуши и возможности их расселения;
в) сохранение природных ландшафтов;
г) предотвращение загрязнения реки Поной, её притоков, а также других рек, их притоков и озёр, располагающихся на территории заказника; разработка рекомендаций по ограниченному использованию биологических ресурсов на основе научных исследований;
д) проведение биотехнических мероприятий с целью создания наиболее благоприятных условий обитания охраняемых водных биоресурсов;
е) пропаганда передового опыта охраны, сохранение природных ресурсов (охотфауны, объектов рыболовства, ягодников), а также естественных условий для их воспроизводства;
ж) организация спортивного рыболовства и туризма, не противоречащего целям создания и задачам заказника;
з) содействие устойчивому развитию хозяйственной деятельности населения, проживающего в бассейне реки Поной, не противоречащей целям создания и задачам заказника.