Управление Программой осуществляет Государственный заказчик - департамент экономического развития Мурманской области. Государственный заказчик в установленном порядке организует конкурсный отбор и заключение договоров с исполнителями мероприятий Программы, финансируемых из областного бюджета.
В организации выполнения Программы участвуют департамент промышленности, строительства и жилищно-коммунального хозяйства Мурманской области, комитет по образованию Мурманской области, другие органы исполнительной власти Мурманской области, а также администрация г. Апатиты и администрация г. Мурманска. Исполнителями многих научных проектов и мероприятий Программы являются организации и предприятия, использующие в этих целях внебюджетные средства. Координацию деятельности всех участников Программы осуществляет созданный при Правительстве Мурманской области Координационный совет по научно-технической и инновационной деятельности, в состав которого входят представители ведущих научных организаций и предприятий, руководители органов исполнительной власти Мурманской области. Координационный совет вносит предложения о финансовой поддержке региональных конференций, в соответствии с планом заслушивает доклады и отчеты исполнителей и принимает меры по обеспечению мероприятий Программы.
Письменная информация о ходе выполнения Программы и расходовании средств областного бюджета представляется ежеквартально в установленном порядке Правительству Мурманской области. Информация в электронном виде о ходе и результатах реализации Программы, финансировании программных мероприятий, привлечении внебюджетных ресурсов, проведении конкурсов на участие в реализации целевой Программы и порядке участия в ней будет размещаться на специализированном сайте в интернете.
Контроль за ходом выполнения Программы осуществляется Правительством Мурманской области.