Основные водные объекты области по комплексной оценке качества воды относятся к умеренно загрязненным и загрязненным.
Ежегодно в поверхностные водные объекты городами, населенными пунктами и предприятиями Мурманской области (без учета КАЭС) сбрасывается около 460 млн. куб. м сточных вод в год, из них 63 млн. куб. м считаются нормативно чистыми, 22,3 млн. куб. м - нормативно очищенными, 275,4 - недостаточно очищенными. Без какой-либо очистки сбрасывается около 96,1 млн. куб. м в год.
Существенным фактором загрязнения является также гидрохимический сток с поверхности водосборных бассейнов, формирующихся под воздействием выбросов загрязняющих веществ в атмосферу.