Организация управления осуществляется путем выполнения пунктов комплексного плана исполнителями, координации действий заинтересованных сторон, сбора информации и подведения итогов один раз в квартал.
Контроль за ходом реализации осуществляется путем предоставления ежеквартальной информации в Департамент ветеринарии и животноводства Минсельхоза России и ежегодно до 1 февраля в департамент экономического развития Мурманской области; ежеквартально комитет по ветеринарии и охране животного мира Мурманской области отчитывается перед департаментом экономического развития области о ходе выполнения показателей эффективности Программы.