В состав заповедника входят:
В Мурманской области:
1. Печенгский район:
Острова Большой и Малый Айновы.
2. Североморский район:
Архипелаг "Семь островов" - острова Харлов (за исключением центральной части), Кувшин, Вешняк, Большой и Малый Зеленцы, Харловские Баклыши, Большой и Малый Лицкие, Панкратьева, Сиков, Могильный, Яичный, Вояточный, Махальный, Семиостровские луды;
прибрежная часть материка от мыса Чегодаева до мыса Лицкий шириной 500 м с разрывом в устье реки Харловка;
"Гавриловский архипелаг" - острова Большой и Малый Гавриловские, Большой и Малый Гусинцы, Белая луда, водная акватория вокруг каждого острова шириной 200 м.
3. Терский район:
Южная оконечность мыса Турий, отделенная от гослесфонда просекой 10-метровой ширины.
Вся акватория залива Порья-губа с находящимися в ней островами и лудами. Северная, западная и восточная границы этого участка проходят по верхнему краю литорали материка, южная - по условной линии, проходящей от мыса Педунов в 500 м южнее островов Большой Седловатый, Столбовые луды, Крестовые луды, до квартального столба 124 - 125 Порьягубского лесничества Терского лесхоза на материке.
4. Кандалакшский район:
4.1. Архипелаг и морская акватория с границей, проходящей по внешней стороне архипелага в 500 м от островов Клетной - Телячий - Сальные - Овечий - Еловый - Богомолиха - Ламбин с прилегающими лудами - Олений - Телячий - Клетной.
4.2. Архипелаг и морская акватория с границей, проходящей по внешней стороне архипелага в 500 м от островов Анисимовские корги - Анисимов - Горелый - Гульмаха - Головин - Седловатый - Малый Ломнишный - Ряжков - Анисимовские корги.
4.3. Архипелаг и морская акватория с границей, проходящей по внешней стороне архипелага в 500 м от островов Куртяжные - Долгая корга - Лувеньгские острова - Паленый - Бережной Власов - Голомянный Власов; по материку по верхнему краю литорали.
4.4. Архипелаг и морская акватория с границей, проходящей по внешней стороне архипелага в 500 м от островов Дресной Баклыш - Роговая луда - Песчаная - Близнецы - Тарасиха - Дресной Баклыш.
4.5. Архипелаг и морская акватория с границей, проходящей по внешней стороне архипелага в 500 м от Кибиринских островов.
4.6. Остров Великий с прилегающей к нему частью Ковдского полуострова (отделенной от гослесфонда просекой 10 м ширины), заливом Бабье море со всеми находящимися в нем островами, а также прилегающими к Ковдскому полуострову и о. Великому островами Молочница, Титов Баклыш, Большая и Малая Величеихи, Канеевские и другими островами, а также морской акваторией 500 м вдоль берегов Ковдского полуострова и перечисленных островов.
Заповедными являются острова: Большой Березовый, Ириньин с прилегающими лудами, луда Белощельная, Княжегубская Седловатая, Вачев, Кивреиха, Песчанка, Плоский Бережной, Плоская Голомянная, Наумиха, Корожный Баклыш с 500-метровой полосой морской акватории вокруг них.
В Карельской АССР:
Лоухский район - Кемьлудский архипелаг с 500-метровой полосой морской акватории вокруг него.