Целью деятельности Агентства является обеспечение выполнения государственного задания в государственных областных, краевых учреждениях, подведомственных Агентству (далее - бюджетные учреждения), повышение эффективности их деятельности, формирования организационных и правовых основ для реформирования сети бюджетных учреждений.