Общее руководство Программой осуществляет руководитель программы. Текущее управление реализацией программных мероприятий осуществляет уполномоченный орган, а также органы местного самоуправления в пределах переданных полномочий.
Порядок передачи органам местного самоуправления полномочий по поддержке сельскохозяйственного производства и финансовое обеспечение указанных полномочий регулируются Законом Пермского края "О передаче органам местного самоуправления Пермской области отдельных государственных полномочий по поддержке сельскохозяйственного производства".