Управление реализацией программы осуществляет государственный заказчик, планируя организацию взаимодействия между исполнителями и проведение текущего контроля.
Общее руководство программой осуществляет заместитель губернатора Пермской области, курирующий вопросы здравоохранения. Текущее управление реализацией программных мероприятий осуществляет управление здравоохранения Пермской области.