5.1. Департамент возглавляет председатель департамента, действующий на основе принципа единоначалия. Председатель департамента назначается на должность и освобождается от должности губернатором края. (в редакции указа Пермского края от 30 декабря 2005 года № 21)
5.2. Председатель департамента несет персональную ответственность за выполнение возложенных на департамент задач и осуществление им своих функций.
5.3. Председатель департамента имеет заместителя, назначаемого на должность и освобождаемого от должности председателем департамента.
5.4. Председатель департамента:
5.4.1. руководит деятельностью департамента;
5.4.2. самостоятельно принимает решения по вопросам, отнесенным к компетенции департамента;
5.4.3. издает в пределах своей компетенции приказы, дает указания и распоряжения, подлежащие обязательному исполнению работниками департамента, а в случаях, установленных действующим законодательством, иными лицами, органами и организациями, проверяет их исполнение;
5.4.4. вносит на утверждение губернатора края проекты положения о департаменте, структуры департамента и его штатного расписания;
5.4.5. распределяет обязанности между своим заместителем и руководителями структурных подразделений департамента, утверждает положения о структурных подразделениях департамента и должностные регламенты государственных гражданских служащих департамента; (в редакции указа Пермского края от 30 декабря 2005 года № 21)
5.4.6. назначает на должность и освобождает от должности руководителей структурных подразделений и работников департамента;
5.4.7. распоряжается средствами департамента в пределах утвержденных смет и выделенных ассигнований;
5.4.8. представляет в установленном порядке государственных гражданских служащих департамента к государственным наградам, почётным званиям, присваивает им классные чины, объявляет поощрения и налагает дисциплинарные взыскания; (в редакции указа Пермского края от 30 декабря 2005 года № 21)
5.4.9. утверждает размер ежемесячных доплат к трудовым пенсиям руководителям сельскохозяйственных организаций области в соответствии с Законом Пермской области «О государственной поддержке кадрового потенциала сельскохозяйственных организаций Пермской области»;
5.4.10. по согласованию с департаментом имущественных отношений области утверждает учредительные документы областных государственных унитарных предприятий и учреждений агропромышленного комплекса области;
5.4.11. утверждает смету расходов и штатное расписание подведомственных учреждений;
5.4.12. осуществляет прием и увольнение руководителей подведомственных учреждений и унитарных предприятий;