Управление реализацией Программы осуществляет государственный заказчик путем планирования организации взаимодействия между исполнителями и текущего контроля.
Общее руководство Программой осуществляет заместитель губернатора Пермской области, курирующий вопросы здравоохранения. Управление здравоохранения Пермской области обеспечивает координацию деятельности исполнителей программных мероприятий и реализации Программы в целом.