Главными целями второго этапа программы являются продолжение работ по сохранению, консервации, реставрации и восстановления зданий и сооружений уникального памятника не только отечественной, но и мировой истории - лагеря «Пермь-36», а также развитие на его базе уже существующего Мемориального музея истории политических репрессий «Пермь-36».
Основными задачами второго этапа программы являются: продолжение работ по дальнейшему сохранению зданий и сооружений бывшего лагеря, его дальнейшая музеефикация; создание новых экспозиций и выставок; дальнейшее развитие массовой научно-просветительской деятельности; привлечение в центр новых посетителей; активизация работы со школами и органами народного образования; планирование и развертывание полноценной научной и собирательской работы, комплектование музейных коллекций, оборудование помещений для хранения музейных экспонатов и материалов; развитие волонтерского движения, политико-патриотическое воспитание волонтеров - студентов и старшеклассников.