В связи с большим комплексом и широким спектром проблем, возникающих при организации и проведении оздоровительной кампании, для управления данным процессом создается городская межведомственная комиссия по организации отдыха и занятости детей и подростков. В состав комиссии включены представители всех заинтересованных структур и ведомств. Аналогичные комиссии создаются во всех территориальных управлениях административных районов Санкт-Петербурга. Комитетом по труду и социальной защите населения создается также Комиссия по организации отдыха детей-инвалидов при Городской ассоциации общественных объединений родителей детей-инвалидов. Члены комиссий несут персональную ответственность за организацию оздоровительных мероприятий по профилю своей деятельности.
Городская межведомственная комиссия обеспечивает оперативное решение общегородских вопросов, координацию деятельности всех служб, задействованных в организации летнего отдыха детей, и районных комиссий, вопросов финансирования детских оздоровительных мероприятий. Районные межведомственные комиссии осуществляют непосредственную работу с населением (определение потребностей жителей района в летнем отдыхе детей и социального заказа района малообеспеченных и многодетных семей, рассмотрение заявлений граждан) и организуют взаимодействие районных служб и ведомств, обеспечивающих оздоровительную кампанию.