Управление реализацией программы и контроль за ходом ее выполнения осуществляются межведомственной комиссией Администрации Санкт-Петербурга по сахарному диабету, Комитетом по здравоохранению совместно с Комитетом по труду и социальной защите населения и Комитетом финансов.