Расходование средств Фонда осуществляет администрация Санкт-Петербурга, которая:
- представляет смету доходов и расходов Фонда на утверждение в Законодательное Собрание Санкт-Петербурга в виде приложения к закону Санкт-Петербурга о бюджете Санкт-Петербурга на соответствующий финансовый год (абзац в редакции, введенной в действие с 7 июля 1998 года Законом Санкт-Петербурга от 26 июня 1998 года N 166-22);
- распоряжается средствами Фонда в рамках сметы Фонда, утвержденной Законодательным Собранием Санкт-Петербурга;
- осуществляет контроль за использованием средств Фонда;
- организует ведение бухгалтерского учета и отчетности Фонда в установленном порядке;
- (абзац исключен с 7 июля 1998 года - Закон Санкт-Петербурга от 26 июня 1998 года N 166-22);
- перераспределяет в течение текущего года средства Фонда между статьями сметы расходов Фонда, но не более 5% от объема средств статьи.