4.1. Совет возглавляется вице-губернатором Санкт-Петербурга председателем Комитета по экономическому прогнозированию и инвестиционной политике.
4.2. Для организации работы Совета председатель имеет двух заместителей, одного из которых назначает председатель, а другой избирается из числа членов Совета простым большинством голосов путем тайного голосования.
4.3. Состав Совета формируется из представителей органов государственной власти Санкт-Петербурга, общественных объединений, союзов, ассоциаций, структур поддержки малого предпринимательства, кредитных и финансовых организаций, средств массовой информации, а также предпринимателей и ученых. Персональный состав Совета утверждается губернатором Санкт-Петербурга.
4.4. При Совете создается комиссия из представителей территориальных управлений административных районов Санкт-Петербурга. Председатель комиссии избирается членами комиссии сроком на один год. Состав комиссии утверждается председателем Совета.
4.5. Ответственный секретарь Совета назначается из числа сотрудников Комитета экономики и промышленной политики и входит в состав Совета.
4.6. Совет формирует комиссии по наиболее актуальным вопросам развития малого предпринимательства. Председатели комиссии избираются Советом. Членами комиссий могут являться как члены Совета, так и приглашенные специалисты и эксперты.