Ликвидация зоны осуществляется путем отмены всех предоставляемых ее резидентам льгот. Проект закона о ликвидации зоны вносит на рассмотрение Законодательного собрания Санкт-Петербурга губернатор Санкт-Петербурга.
Основанием для отмены льгот является систематическое и грубое нарушение в зоне действующего законодательства Российской Федерации и Санкт-Петербурга, невыполнение задач и целей создания зоны или несоответствие ее деятельности жизненно важным интересам Российской Федерации и Санкт-Петербурга.