Конкретные условия реализации необходимых для Санкт-Петербурга программ, размеры и сроки изъятия из бюджета Санкт-Петербурга средств, предоставляемых в виде льгот, а также формы, размеры и сроки поступлений в бюджет Санкт-Петербурга средств, учитываемых как возврат предоставляемых льгот, определяются договорами между резидентами зоны и Администрацией Санкт-Петербурга и должны соответствовать положению о зоне.
Контроль за выполнением резидентами условий предоставления льгот осуществляет орган государственного управления, уполномоченный губернатором Санкт-Петербурга решать вопросы создания и управления зонами.