Департамент возглавляет председатель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности губернатором Пермской области с учетом мнения Министерства сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации.
Председатель департамента является государственным служащим и в своей деятельности строго руководствуется Законом "О государственной службе Пермской области".
По представлению председателя департамента губернатор области назначает и освобождает от должности заместителей председателя департамента, утверждает штатное расписание.
Для рассмотрения и решения вопросов работы и развития агропромышленного комплекса области, координации работы предприятий всех форм собственности и систем хозяйствования в департаменте создается коллегия.
Количественный и персональный состав членов коллегии и Положение о ней утверждается председателем департамента.
Решения, принимаемые коллегией, проводятся в жизнь приказами, указаниями председателя департамента.
Председатель департамента:
осуществляет руководство деятельностью департамента, обеспечивает выполнение решений коллегии, руководит аппаратом департамента на основе единоначалия, несет персональную ответственность за выполнение возложенных на департамент задач и функций;
определяет функции структурных подразделений и служб, распределяет обязанности между руководителями структурных подразделений, отдельными специалистами департамента;
представляет интересы департамента без особой на то доверенности во всех предприятиях, учреждениях и организациях, распоряжается на основании договора с комитетом администрации области по управлению государственным имуществом, закрепленным за департаментом имуществом и средствами на правах оперативного управления, заключает договоры, выдает доверенности, в том числе с правом передоверия, совершает все виды операций в учреждениях банка, открывает в банках расчетные и иные счета;
формирует штат, принимает, перемещает и увольняет работников департамента, вносит изменения в штатное расписание в пределах утвержденной губернатором численности и фонда зарплаты;
устанавливает отдельным руководителям и специалистам департамента надбавки к должностным окладам за высокие достижения в труде;
согласует с администрацией районов (городов) назначение лиц на должность начальников районных управлений (отделов) сельского хозяйства;
в своей деятельности строго руководствуется действующим законодательством и настоящим Положением;
издает приказы и другие распорядительные документы по вопросам, входящим в его компетенцию (в необходимых случаях совместно с другими структурными подразделениями администрации), решает вопросы создания необходимых подразделений.