5.1. Руководство главным управлением осуществляется на основе единоначалия.
5.2. Главное управление возглавляет начальник, назначаемый на должность и освобождаемый от должности губернатором области.
5.3. Начальник осуществляет непосредственное руководство деятельностью главного управления и несет персональную ответственность за выполнение возложенных на главное управление задач.
5.4. Начальник имеет заместителей, в том числе одного первого, который курирует недропользование и назначается на должность по согласованию с заместителем губернатора области.
5.5. Начальник главного управления:
издает в пределах своей компетенции приказы, дает указания и поручения, подлежащие обязательному исполнению работниками главного управления, проверяет их исполнение;
утверждает инструкции и иные акты в соответствии с его компетенцией;
утверждает положения о структурных подразделениях и должностные инструкции их работников;
вносит предложения по структуре главного управления в пределах фонда оплаты труда и штатной численности, утвержденных губернатором области;
назначает на должность и освобождает от должности работников главного управления;
подписывает лицензии и договоры пользования теми видами природных ресурсов, распоряжение которыми отнесено к полномочиям главного управления;
согласовывает нормативные и иные правовые акты, издаваемые территориальными специально уполномоченными органами в сфере использования природных ресурсов, по вопросам, отнесенным к ведению главного управления;
утверждает составы научно-промысловых, научно-технических, координационных советов и других совещательных органов, создаваемых в главном управлении для обсуждения и решения задач, стоящих перед ним;
распоряжается средствами главного управления в пределах утвержденных смет и выделенных ассигнований;
представляет в установленном порядке отличившихся работников к государственным наградам, почетным званиям, присваивает квалификационные разряды, объявляет поощрения и налагает дисциплинарные взыскания;
представляет интересы главного управления без доверенности, заключает договоры и соглашения, выдает доверенности от имени главного управления;
открывает счета в банковских учреждениях, подписывает финансовые документы;
на время отсутствия начальника главного управления исполнение его обязанностей возлагается на первого заместителя или на одного из заместителей.
5.6. В главном управлении в соответствии с действующим порядком для рассмотрения вопросов, отнесенных к его компетенции, могут создаваться коллегии и иные коллегиальные органы (научно-промысловые, научно-технические, координационные советы).