Основным источником финансирования музея до настоящего времени остается бюджет области, обеспечивающий большую часть средств на содержание музея и производство ремонтно-реставрационных работ. Объем финансовых средств на текущие и капитальные расходы музея из областного бюджета определяется ежегодно при его формировании, в котором программа "Мемориальный музей истории политических репрессий и тоталитаризма" обозначается отдельной строкой.
Министерство культуры Российской Федерации в 1995 и 1996 гг. планировало долевое финансирование работ по реставрации построек бывшего концлагеря (музей включен Министерством культуры в федеральную программу "Наследие")и созданию музейных экспозиций и выставок, но в связи с острым дефицитом государственного бюджета и непоступлением средств из Министерства финансов смогло выделить в 1995 г. лишь 30 млн. руб. В 1996 г. средств из Министерства культуры не поступало.
Весьма существенной в 1995 и 1996 гг. была спонсорская помощь ряда предприятий и организаций, выделявших музею безвозмездно, или по значительно сниженным ценам, необходимые материалы и оборудование.
Решающую роль в создании музея вплоть до настоящего времени играет собственная хозяйственная деятельность музейно-архивного комплекса, позволяющая более чем в два раза снизить расходы на ремонтно-реставрационные работы. В будущем, в связи с многократно возрастающим объемом работ, связанным с освоением и музеефикацией участка строго режима, собственная хозяйственная деятельность уже не может быть столь эффективной.
В 1997 г. подписано соглашение с Московским представительством Фонда Форда о предоставлении музейно-архивному комплексу "Мемориал жертв политических репрессий" с 1 апреля 1997 г. гранта в размере 48,5 тыс. долларов США сроком на 9 месяцев для развития Мемориального музея. Все средства Фонда выделяются целевым назначением для поддержки отдельных программ музея, в первую очередь создания службы международных связей, содержание офиса музея в Перми, организацию телефонной связи и т.д. В настоящее время ведутся переговоры о финансовой поддержке программы федеральным бюджетом и различными благотворительными организациями: фондами Сороса, "Евразия" и другими.