Самостоятельная систематическая научно-исследовательская деятельность Пермского отделения общества "Мемориал" началась с 1992 г. За период 1992 - 1996 гг. организовано и проведено 5 международных научных конференции по проблемам тоталитарной и репрессивной истории, материалы трех из них опубликованы.
Подготовлена к изданию монография "Участок особого режима колонии ВС-389/36", включающая в себя некоторые документы, связанные с его функционированием, биографии заключенных, летопись основных событий его истории.
Выявлены в центральных и местных, государственных и ведомственных архивах основные материалы по репрессивной истории Пермской области, обследованы фонды 30 - 50-х гг. в архивах всех лагерных управлений Пермской области. Собираются материалы по программе "Устная история".
Разработана программа-оболочка для составления компьютерных баз данных списков репрессированных. Составлена компьютерная база "Заключенные Пермских политлагерей (70 - 80-е гг.)", начато составление базы "Заключенные Усоллага (30 - 50-е гг.)". Разрабатываются конкретные исследовательские темы. Подготовлена тематическая структура генеральной экспозиции музея "Тоталитаризм и репрессии в СССР (1918 - 1991 гг.)".
Сотрудники музея и его исследовательского центра являются участниками многих региональных, российских и международных конференций, регулярно выезжают для сбора материалов в Москву, Санкт-Петербург, на Украину, в Прибалтику. В 1996 г. приняли участие в экспедиции на Соловецкие острова, организованной Санкт-Петербургским "Мемориалом".
В 1994 г. получен коллективный грант русско-американского фонда "Культурная инициатива" на разработку темы "Правовые и пенитенциарные основы и концепции советского тоталитаризма". В 1995 и 1996 г. - четыре индивидуальных исследовательских гранта Фонда Г. Бёлля.