По истечении времени голосования на референдуме председатель участковой комиссии референдума объявляет о том, что получить бюллетени для голосования и проголосовать могут только граждане, уже находящиеся в помещении для голосования.
Перед вскрытием ящиков для голосования члены участковой комиссии в присутствии наблюдателей, если они находятся в помещении для голосования, подсчитывают и погашают неиспользованные бюллетени. Число этих бюллетеней оглашается и заносится в протокол участковой комиссии по проведению референдума об итогах голосования, после чего председатель участковой комиссии проверяет сохранность печатей или пломб на ящиках для голосования, предлагает удостовериться в их сохранности членам участковой комиссии и наблюдателям и вскрывает ящики для голосования. Вскрытие ящиков для голосования осуществляется поочередно: вначале переносных, затем стационарных.
Вначале производится подсчет бюллетеней для голосования, находившихся в каждом из переносных ящиков для голосования. Число бюллетеней для голосования на референдуме, находившихся в переносных ящиках для голосования, не должно превышать число письменных заявлений граждан о проведении голосования вне помещения участка референдума.
В случае обнаружения в переносном ящике для голосования большего числа бюллетеней, чем число письменных заявлений граждан, все бюллетени, находившиеся в переносном ящике для голосования, признаются недействительными решением участковой комиссии по проведению референдума. Этот факт с указанием фамилий членов участковой комиссии, обеспечивавших проведение голосования вне помещения участка референдума, отражается в акте, который прилагается к протоколу участковой комиссии об итогах голосования.
При подсчете голосов граждан, имеющих право на участие в референдуме, прежде всего отделяются бюллетени неустановленной формы, то есть не изготовленные официально либо не заверенные участковой или территориальной (при досрочном голосовании) комиссией по проведению референдума, и недействительные бюллетени. Недействительными считаются бюллетени для голосования на референдуме, по которым невозможно установить волеизъявление гражданина, в частности такие, в которых знак "плюс" или любой иной знак проставлен в двух квадратах или не проставлен ни в одном из них. При возникновении сомнения в действительности бюллетеней для голосования на референдуме участковая комиссия разрешает вопрос голосованием. При принятии решения о признании бюллетеня недействительным участковая комиссия указывает на его оборотной стороне причины недействительности данного бюллетеня. Эта запись заверяется подписями не менее трех членов участковой комиссии. Недействительные бюллетени для голосования на референдуме хранятся упакованными отдельно от других бюллетеней.
Подсчет голосов граждан, имеющих право на участие в референдуме, должен проводиться непосредственно членами участковой комиссии по проведению референдума с правом решающего голоса без перерыва до получения итогов голосования, о которых должны быть извещены все члены участковой комиссии, а также наблюдатели.
Если на голосование выносилось одновременно несколько вопросов, подсчет голосов по каждому из них осуществляется отдельно.