Система мероприятий Программы включает в себя реализацию следующих подпрограмм:
"Минерально-сырьевые ресурсы";
"Водные ресурсы и водные объекты";
"Отходы";
"Регулирование качества окружающей среды";
"Поддержка особо охраняемых природных территорий регионального значения";
"Сохранение редких и исчезающих видов животных и растений".