Управление реализацией Программы осуществляет государственный заказчик Программы - Главное управление Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий по Кабардино-Балкарской Республике, которое ежегодно до 1 марта представляет отчет о ходе реализации мероприятий Программы и эффективности использования финансовых средств в Правительство Кабардино-Балкарской Республики.
Механизм реализации Программы базируется на принципах паритетности финансирования мероприятий Программы, направленных на обеспечение химической и биологической безопасности, партнерства исполнительных органов государственной власти Кабардино-Балкарской Республики, предприятий и организаций и разграничения полномочий, предметов ведения и ответственности всех участников Программы.
Государственный заказчик Программы ежегодно уточняет перечень финансируемых мероприятий Программы на очередной финансовый год, определяет сроки их реализации и объемы финансирования.