Общее руководство и контроль за ходом реализации Программы осуществляет государственный заказчик Программы (министерство экономического развития Астраханской области), которым определяются формы и методы управления реализацией Программы.
Неотъемлемым элементом управления Программой является ее мониторинг, осуществляемый посредством проведения анализа результатов реализации программных мероприятий.
Государственный заказчик Программы несет ответственность за своевременное выполнение мероприятий Программы, рациональное использование выделенных бюджетных средств. Государственный заказчик Программы ежеквартально, до 15 числа месяца, следующего за отчетным кварталом, представляет отчеты о ходе реализации Программы и эффективности использования бюджетных ассигнований по установленной форме.