Департамент здравоохранения Администрации Астраханской области контролирует ход выполнения Программы, освоение финансовых средств и реализацию намеченных мероприятий. Ежеквартально департамент направляет отчет о ходе реализации Программы в комитет экономического развития и торговли Администрации области в установленном порядке.
Департамент здравоохранения Администрации области совместно с основными исполнителями Программы формирует сводную бюджетную заявку, предусматривая в ней объемы ассигнований на последовательную и поэтапную реализацию мероприятий Программы, и ежегодно представляет ее в комитет экономического развития и торговли Администрации области.