Общее руководство и контроль за ходом реализации Программы осуществляет государственный заказчик Программы (министерство экономического развития Астраханской области), которым определяются формы и методы управления реализацией Программы.
Ежегодно после уточнения объемов финансирования перечень мероприятий, предусмотренных Программой, может корректироваться постановлением Правительства Астраханской области.
Порядок оказания имущественной и финансовой государственной поддержки субъектам малого и среднего предпринимательства в рамках Программы определяется положением, утверждаемым Правительством Астраханской области, в котором отражаются условия предоставления государственной поддержки.
Неотъемлемым элементом управления Программой является ее мониторинг, осуществляемый посредством проведения анализа результатов реализации программных мероприятий.
Государственный заказчик Программы несет ответственность за своевременное исполнение мероприятий Программы, рациональное использование выделенных бюджетных средств. Государственный заказчик Программы ежеквартально, до 15 числа месяца, следующего за отчетным кварталом, представляет отчеты о ходе реализации Программы и эффективности использования бюджетных ассигнований по установленной форме.