Общее руководство и контроль за ходом реализации подпрограммы осуществляет государственный заказчик подпрограммы (министерство экономического развития Астраханской области), которым определяются формы и методы управления реализацией подпрограммы.
Ежегодно после уточнения объемов финансирования перечень мероприятий, предусмотренных подпрограммой, может корректироваться Правительством Астраханской области.
Порядок оказания государственной поддержки инновационно активным малым и средним предприятиям в рамках подпрограммы определяется в порядке, установленном Правительством Астраханской области.
Неотъемлемым элементом управления подпрограммой является ее мониторинг, осуществляемый посредством проведения анализа результатов реализации подпрограммных мероприятий.
Государственный заказчик подпрограммы несет ответственность за своевременное исполнение мероприятий подпрограммы, рациональное использование выделенных бюджетных средств. Государственный заказчик подпрограммы ежеквартально, до 15-го числа месяца, следующего за отчетным кварталом, представляет отчеты о ходе реализации подпрограммы и эффективности использования бюджетных ассигнований по установленной форме.