Общее руководство и контроль за ходом реализации Программы осуществляет министерство сельского хозяйства Астраханской области.
Организация контроля за ходом выполнения Программы должна учитывать особенности управления ею. Контроль, осуществляемый министерством сельского хозяйства Астраханской области, должен обеспечивать своевременное и полное осуществление мероприятий Программы и отдельных подпрограмм, включая мониторинг их реализации, оценку результативности, подготовку отчетов о реализации Программы и отражать реальное разделение уровней ответственности за принятие и выполнение конкретных решений.
Министерство сельского хозяйства Астраханской области ежеквартально, до 15 числа месяца, следующего за отчетным кварталом, представляет в министерство экономического развития Астраханской области отчеты о ходе реализации Программы и эффективности использования бюджетных ассигнований, несет ответственность за своевременное выполнение Программы, рациональное использование выделяемых бюджетных средств.