Государственный заказчик заключает соглашение с Министерством сельского хозяйства Российской Федерации (на весь срок ее реализации) о софинансировании Программы за счет средств федерального бюджета, средств областного бюджета и внебюджетных источников в увязке с общей стоимостью работ. Государственный заказчик осуществляет координацию деятельности исполнителей в ходе реализации Программы. Государственный заказчик осуществляет подготовку предложений по объемам и условиям использования средств федерального и областного бюджета для реализации Программы. Государственный заказчик ежеквартально представляет статистическую отчетность в Министерство сельского хозяйства Российской Федерации и министерство экономического развития Астраханской области по реализации Программы. Государственный заказчик ежегодно с учетом выделяемых на ее реализацию средств уточняет целевые показатели и затраты по мероприятиям Программы, механизм ее реализации и состав исполнителей.