Основными задачами управления являются:
2.1. Реализация государственной политики в области рационального использования запасов рыб, других водных животных и растений, их сохранения и воспроизводства на региональном уровне с учетом интересов области.
2.2. Регулирование использования в рыбохозяйственных водоемах запасов рыб, других водных животных и растений, отнесенных в установленном порядке к ресурсам, пользование которыми находится в ведении Администрации области.
2.3. Анализ социально - экономического и научно - технического развития рыбопромышленного комплекса области и определение на его основе принципов, методов и форм государственной политики в рыбохозяйственной отрасли.
2.4. Осуществление государственного управления и регулирования деятельности рыбохозяйственного комплекса в области, обеспечение его эффективной и устойчивой работы.
2.5. Формирование и реализация механизмов государственной поддержки деятельности предприятий и организаций рыбохозяйственного комплекса, оперативное регулирование освоения квот вылова водных биоресурсов.
2.6. Разработка комплекса мер организационного, финансового, экономического характера, обеспечивающих реализацию государственной политики развития рыбохозяйственного комплекса области.
2.7. Содействие созданию условий, обеспечивающих развитие и эффективную деятельность предприятий и организаций различных форм собственности рыбохозяйственного комплекса.
2.8. Координация деятельности территориальных органов, осуществляющих мероприятия в части охраны рыбных запасов, сохранности рыбной продукции, регулирования рыболовства.
2.9. Разработка организационных, экономических и финансовых условий для обеспечения функций Администрации области по владению, пользованию и распоряжению водными объектами областного уровня собственности.