Управление в соответствии с возложенными на него задачами выполняет следующие функции:
3.1. Осуществляет ведение рыбохозяйственного кадастра и мониторинга запасов рыб, других водных животных и растений.
3.2. Разрабатывает предложения о целевом финансировании предприятий рыбной отрасли для обеспечения их устойчивого функционирования и расширения производства.
3.3. Ведет реестр рыбохозяйственных предприятий, учреждений и организаций независимо от форм собственности.
3.4. Контролирует в соответствии с действующим порядком целевое использование рыбохозяйственными предприятиями, учреждениями и организациями, независимо от форм собственности, выделяемых им государственных средств.
3.5. Разрабатывает предложения по установлению платы за пользование запасами рыб, других водных животных и растений для возмещения затрат на их изучение, воспроизводство и охрану.
3.6. Осуществляет оказание помощи предприятиям рыбной отрасли в развитии экономических и производственных связей с зарубежными партнерами, предприятиями и организациями других регионов Российской Федерации.
3.7. Формирует инвестиционную политику в области рыбного хозяйства, включая разработку предложений по государственной поддержке рыбного хозяйства за счет средств федерального, областного бюджетов и инвестиционных кредитов, а также по привлечению заемных средств, предоставляемых коммерческими банками, российскими инвестиционными фондами, иностранными инвесторами.
3.8. Участвует в разработке и проведении экспертизы, оценки и отбора инвестиционных проектов и других программ развития рыбной отрасли.
3.9. Разрабатывает предложения по структуре и объемам инвестиций в рыбохозяйственный комплекс.
3.10. Осуществляет работу и оказание помощи рыбохозяйственным предприятиям, учреждениям и организациям по вопросам межотраслевой координации с другими областями и странами Содружества.
3.11. Вносит в установленном порядке предложения по формированию и финансированию областных государственных программ развития рыбохозяйственного комплекса.
3.12. Осуществляет анализ и разработку с рыбохозяйственными предприятиями, учреждениями и организациями области предложений по их структурной перестройке и оптимизации их деятельности.
3.13. Участвует в разработке и проведении государственной политики по производству и сохранности сырьевой базы рыбного хозяйства.
3.14. Подготавливает и реализует решения по использованию сырьевой базы рыбного хозяйства на территории области в соответствии с действующим законодательством.
3.15. Организует и проводит научно - исследовательские работы по государственному мониторингу водных биологических ресурсов и изучению их состояния, выявлению новых районов и объектов промысла.
3.16. Создает условия для развития рыночной инфраструктуры и функционирования предприятий рыбохозяйственного комплекса независимо от их форм собственности.
3.17. Рассматривает планы размещения, развития и специализации производства на территории области, выдает по ним заключения и предложения в части, касающейся рыбохозяйственного комплекса.
3.18. Сотрудничает с научными учреждениями по проблемам рыбохозяйственного комплекса области.
3.19. Участвует в разработке и проведении государственной политики использования и распределения продукции рыбного хозяйства в интересах населения области и достижения наибольшей экономической эффективности.
3.20. Содействует проведению государственной финансовой и кредитно - денежной политики, ориентированной на эффективные рыночные отношения и развитие рыбохозяйственного комплекса области.
3.21. Участвует по поручению Губернатора области в рассмотрении вопросов, затрагивающих интересы рыбного хозяйства области, в федеральных органах исполнительной власти Российской Федерации.
3.22. Содействует развитию экспортного потенциала рыбохозяйственного комплекса.
3.23. Вносит в установленном порядке предложения по формированию и финансированию территориальных, федеральных и межгосударственных программ развития рыбохозяйственного комплекса, поставкам для государственных нужд и участвует в определении государственного заказчика.
3.24. Участвует в подготовке предложений по проекту бюджета области в части финансирования рыбохозяйственного комплекса.
3.25. Формирует предложения по проведению научно - исследовательскими организациями научно - исследовательских и опытно - конструкторских работ и осуществляет контроль за использованием выделенных на эти цели ассигнований.
3.26. Организует и проводит совместно с заинтересованными органами государственной власти и организациями информационную и выставочную работу рыбохозяйственного комплекса области.
3.27. Осуществляет координацию работ по искусственному воспроизводству водных биологических ресурсов, рыбохозяйственной мелиорации водоемов и акклиматизации водных биологических ресурсов, контролирует выполнение этих работ предприятиями, учреждениями и организациями независимо от форм собственности.