Контроль за реализацией Программы осуществляют государственные заказчики: департамент здравоохранения и комитет по фармацевтической деятельности Астраханской области, которые несут ответственность за выделяемые финансовые средства.
Департамент здравоохранения и комитет по фармацевтической деятельности Астраханской области представляют в департамент экономического развития Астраханской области ежеквартально в установленном порядке информацию о ходе реализации Программы и ежегодно - бюджетную заявку на финансирование ее из областного бюджета в текущем году.