На Комиссию возлагаются следующие функции:
1. Разрабатывает и утверждает акт приёма-передачи этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции, изъятых из незаконного оборота, (далее - продукции) для направления её на переработку или уничтожение.
2. Обеспечивает взаимодействие с Сибирским межрегиональным фондом Российского Федерального фонда имущества по вопросам переработки, оценки, хранения, транспортировки и страхования продукции.
3. Определяет на конкурсной основе организации, уполномоченные осуществлять промышленную переработку либо уничтожение продукции.
4. Рассматривает наличие сопроводительной документации представляемой продукции для решения вопроса об её уничтожении либо направлении на переработку.
5. Осуществляет учёт продукции.
6. Анализирует обобщённые сведения, представленные Министерством земельных и имущественных отношений Республики Тыва по переработке и уничтожению продукции.
7. Определяет место хранения продукции до передачи её уполномоченным органом организациям, имеющим лицензии на хранение такого вида продукции.
8. Определяет место для уничтожения продукции и составляет акты в соответствии с представленными материалами.
9. Осуществляет контроль за уничтожением продукции.
10. Направляет акты об уничтожении в Управление Министерства по налогам и сборам Российской Федерации в Республике Тыва.
11. Ежеквартально представляет отчёты в Правительство Республики Тыва об уничтожении и переработке продукции.
12. Готовит предложения Совету Общественной Безопасности Республики Тыва по выработке и реализации направлений в области санитарно-эпидемиологической и экологической безопасности на территории Республики Тыва.