Правовое регулирование отношений в области охраны и использования водных биоресурсов базируется на следующих принципах:
- осуществления рыбохозяйственной деятельности на основе оптимального сочетания экологических, экономических, научных целей и интересов населения;
- сохранения видового разнообразия водных биоресурсов, установления режима использования водных биоресурсов в рыбохозяйственных водоемах на основании научных рекомендаций;
- недопустимости совмещения органами государственной власти функций государственного управления и контроля в области охраны и использования водных биоресурсов с деятельностью по пользованию водными биоресурсами;
- устойчивости (стабильности) права пользования водными биоресурсами;
- ограничения в интересах охраны водных биоресурсов прав пользователей рыбохозяйственными водоемами в соответствии с действующим законодательством;
- применения механизма экономического регулирования охраны и использования водных биоресурсов;
- обязательности государственной экологической экспертизы хозяйственной и иной деятельности, оказывающей влияние на водные биоресурсы;
- участия субъектов, осуществляющих использование водных биоресурсов, в проведении мероприятий по восстановлению изъятых ими водных биоресурсов;
- гласности при использовании водных биоресурсов, участия населения, общественных организаций и объединений в мероприятиях по их охране и воспроизводству;
- полного возмещения вреда, нанесенного водным биоресурсам и рыбохозяйственным организациям государственными органами, органами местного самоуправления, юридическими лицами и гражданами;
- отделения права пользования водными биоресурсами от права пользования водными объектами.