Система экономического регулирования включает в себя:
- учет и социально-экономическую оценку водных биоресурсов;
- формирование системы платежей за пользование водными биоресурсами;
- создание экономической базы изучения, охраны, воспроизводства и устойчивого использования водных биоресурсов;
- согласование планируемых земле-, лесо-, водо-, недропользователями мероприятий, оказывающих воздействие на водоемы, с пользователями водными биоресурсами;
- экономическое стимулирование юридических лиц и граждан, занимающихся охраной водных биоресурсов, их воспроизводством и мелиоративными работами на рыбохозяйственных водоемах;
- экономическое стимулирование деятельности рыбохозяйственных организаций по добыче рыбы и других гидробионтов, а также товарному рыбоводству;
- экономическую защиту интересов пользователей водными биоресурсами.