5.1. Департамент возглавляет директор, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Губернатором области по представлению курирующего Департамент заместителя Губернатора. Заместитель директора Департамента назначается на должность и освобождается в том же порядке, что и директор Департамента.
5.2. Директор Департамента:
5.2.1. Осуществляет общее руководство деятельностью Департамента на основе единоначалия, определяет обязанности своего заместителя и несёт персональную ответственность за выполнение задач и функций, возложенных на возглавляемый им Департамент, за подготовку и повышение квалификации кадров, за соблюдение требований закона "О государственной службе в Тюменской области".
5.2.2. Утверждает штатное расписание Департамента в пределах утвержденных лимитов численности работников и фонда оплаты труда.
5.2.3. Определяет функции структурных подразделений Департамента, утверждает Положения о них и должностные инструкции работников Департамента.
5.2.4. Принимает на работу и увольняет с работы работников Департамента.
5.2.5. Организует бухгалтерский учет и утверждает бухгалтерскую отчетность.
5.2.6. Издает приказы, даёт указания, утверждает (в соответствии с его компетенцией ) инструкции и иные документы, обязательные для исполнения работниками Департамента.
5.2.7. Действует от имени Департамента без доверенности, представляет его интересы во всех учреждениях, организациях и предприятиях; распоряжается в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации имуществом Департамента, заключает договоры, в том числе трудовые, выдает доверенности; открывает счета в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации, распоряжается финансовыми средствами.
5.2.8. Реализует меры, направленные на обеспечение социальной защиты и улучшение условий труда работников Департамента.
5.2.9. В случае временного отсутствия директора Департамента выполнение его обязанностей возлагается на заместителя или одного из начальников отделов, входящих в состав Департамента.
5.3. В целях определения приоритетности финансирования природоохранных мероприятий, обоснованности заявочных материалов и обеспечения коллегиальности принимаемых по данному вопросу решений при Департаменте образуется Координационный совет в составе директора Департамента (председатель совета), его заместителя по должности, представителей федеральных и областных структур, организаций и учреждений, осуществляющих деятельность в сфере охраны окружающей среды, обеспечения экологической безопасности, сохранения биологического разнообразия (по согласованию). При необходимости на заседания Совета приглашаются ведущие ученые и специалисты в названной области деятельности.
Персональный состав Координационного совета и положение о нем утверждается директором Департамента по согласованию с заместителем Губернатора области, курирующим деятельность Департамента.