5.1. Департамент возглавляет директор. Директор Департамента, его заместители и начальники управлений назначаются и освобождаются от должности Губернатором области.
5.2. Директор департамента по согласованию с начальником Главного управления государственной и кадровой политики назначает и освобождает от должности руководителей отделов и секторов Департамента.
5.3. Директор Департамента по представлению глав администраций районов согласовывает назначение и освобождение руководителей райсельхозорганов (комитетов, управлений, отделов по сельскому хозяйству и продовольствию).
5.4. В Департаменте образуется научно-технический совет в составе директора, его заместителей, руководителей федеральных структур, организаций и учреждений, курируемых Департаментом, ведущих ученых и специалистов АПК области. Персональный состав научно-технического совета утверждается директором Департамента.
Решения научно-технического совета оформляются протоколами и реализуются при необходимости приказами или поручениями директора Департамента.
5.5. В составе рабочего аппарата Департамента создаются необходимые структурные подразделения по государственному управлению АПК области. Содержание работников, осуществляющих государственные функции управления АПК, производится за счет областного бюджета.