Основными функциями Минсельхозпрода Республики Мордовия по выполнению поставленных задач являются:
разработка предложений по основным направлениям аграрной политики, проведение земельной реформы, переход на рыночные отношения, социальное переустройство села;
обеспечение внедрения рыночного механизма хозяйствования, разгосударствления предприятий, создание равных экономических условий для производителей сельскохозяйственной продукции, продовольственных товаров независимо от форм собственности и хозяйствования;
прогноз потребности в капитальных вложениях, основных видах машин и оборудования, минеральных удобрениях, сырьевых ресурсах для предприятий и организаций агропромышленного комплекса;
организация работы по развитию внешнеэкономических связей предприятий АПК;
участие в разработке закупочных, оптовых и розничных цен на продукцию сельского хозяйства;
воспроизводство плодородия почв и реализация мероприятий по охране окружающей среды;
организация племенного дела;
организация семеноводства, сортоиспытания, сортообновления, производство и реализация посадочного материала;
развитие научно - технического прогресса, организация пропаганды и информации о научно - технических достижениях;
обеспечение технической политики, организация агросервиса и консультативного обслуживания в агропромышленном комплексе;
организация подготовки кадров для агропромышленного комплекса;
организацию фирменной торговли сельскохозяйственной продукцией;
организация юридической службы и правового обеспечения рыночных отношений в агропромышленном комплексе;
обеспечение государственного контроля и надзора за соблюдением нормативных актов и проведением мероприятий по защите растений, качеством семенного и посадочного материала, техническим состоянием машинно - тракторного парка и оборудования, соблюдением ветеринарного устава и осуществлением мер по охране и защите животных, проведением карантинных мероприятий.
Совместно с другими органами государственного управления Минсельхозпрод Республики Мордовия осуществляет также:
разработку основных направлений аграрной и продовольственной политики;
прогнозирование развития и размещение отраслей агропромышленного комплекса;
подготовку и реализацию государственных программ социального и экономического развития отраслей агропромышленного комплекса;
содействие развитию крестьянских (фермерских) хозяйств, кооперативов, арендных, акционерных, совместных предприятий и других форм предпринимательства, подсобных сельских хозяйств промышленных предприятий, личных подсобных хозяйств граждан, коллективного садоводства и огородничества;
государственную инвестиционную политику в социальной сфере на селе;
обеспечение ликвидации последствий стихийных бедствий и других чрезвычайных ситуаций;
разработку методических рекомендаций и организацию бухгалтерского учета, оперативной, статистической отчетности и ревизионной работы;
разработку программы, проектов нормативных актов и рекомендаций по приватизации и реформированию сельскохозяйственных предприятий;
разработку балансов продовольствия, изучение конъюнктуры рынка по экономическим районам;
подготовку предложений по регулированию ценовой политики, налогообложению, финансовой поддержке;
разработку рекомендаций по совершенствованию системы оплаты и стимулирования труда, индексации денежных доходов и социальных гарантий.